La Saône s'étend sur près de 500 km depuis sa source dans les Vosges, jusqu'à sa confluence avec le Rhône à Lyon. Elle traverse tout au long de son cours ou à proximité : Gray, Auxonne, Dijon, Châlon, Tournus, Mâcon, Villefranche sur Saône, Lyon.
Un premier contrat de vallée inondable a été mis en place sur 5 ans entre 2004 et 2009, mettant ainsi à contribution les Chambres d'Agriculture sur les enjeux de l'agriculture
Pendant les 5 ans de ce premier Contrat de vallée inondable, la Chambre d'Agriculture a eu la mission de coordination des actions agricoles menées sur les 6 départements concernés : Vosges, Haute Saône, Côte d'Or,Saône et Loire, Ain et Rhône. Elle contribue depuis 2010 à la réflexion pour un 2ème Contrat de Vallée inondable
Les Chambres d'Agriculture sont chargées d'animer une Commission agricole spécifique. La première réunion a eu lieu le 6 décembre 2011